二周目开始时优先保留一周目的高等级宝可梦作为核心战力，同时补充捕捉稀有宝可梦完善队伍属性覆盖。重点培养个体值优秀的宝可梦，通过战斗积累努力值针对性提升关键属性，如喷火龙的速度与特攻、水箭龟的防御与特防。合理分配技能机学习强力招式，确保每只宝可梦至少掌握两种不同属性的攻击技能以应对属性克制。
七岛任务线是二周目提升实力的关键环节，完成红蓝宝石任务可解锁全国图鉴并开启更多稀有宝可梦捕捉地点。灯火山捕捉火焰鸟、华蓝洞窟收服超梦等传说宝可梦能显著增强队伍强度。注意利用隐藏道具探测器收集进化石和属性增强道具，这些资源对后期培养至关重要。道馆馆主重赛和四大天王挑战是检验队伍实力的标杆，建议将主力等级提升至65级以上再尝试。
队伍配置需要遵循属性平衡原则，避免出现单一属性被克制的致命弱点。经典的火水草三角组合是基础，补充电系应对飞行与水系，地面系克制电与火系，超能力系针对毒与格斗系。注意携带至少一只高速宝可梦用于先手控场，以及具备恢复技能的耐久型宝可梦维持战线。技能搭配要考虑PP值管理，主力输出技能需保持足够使用次数。
后期重点优化战术体系，通过特性与技能组合形成联动效果。天气队、状态异常队、强化接力队等都是可选的战术方向，但需确保核心战术不被常见反制手段破解。对战开拓区是检验战术深度的最佳场所，连续挑战能暴露出队伍构建的潜在问题。多人对战环境与NPC对战存在差异，需要针对性调整技能配置。
个体值与性格的终极优化属于进阶内容，通过孵化系统培育完美个体需要大量时间投入。同步特性宝可梦能提高获得理想性格的概率，红线道具可遗传个体值。这种深度培养方式适合追求极限强度的玩家，普通通关只需确保关键属性达到合格标准即可。隐藏特性宝可梦在特定战术中具有不可替代性，但获取难度较高。
资源管理贯穿整个培养过程，合理分配稀有道具如大师球、属性增强剂和技能机。战斗外道具如幸运蛋、学习装置能显著提升培养效率。注意保留足够资金购买战斗消耗品，高级伤药与全复药在高强度连续对战中必不可少。通过出售珍珠等收集品可获得稳定经济来源，避免出现资源短缺影响培养进度的情况。
